Stefan Krötsch studierte von 1994 bis 2001 Architektur an der TU München. Nach Mitarbeit bei bogevischs Büro und bei Söldner + Stender Architekten gründete er 2005 in München ein eigenes Architekturbüro, das er von 2009 bis 2019 in Partnerschaft mit Florian Braun führte.

Seit 2020 betreibt er in Partnerschaft mit Ruth Klingelhöfer-Krötsch das Architekturbüro Klingelhöfer Krötsch Architekten in München. Von 2008 bis 2014 war er akademischer Rat am Fachgebiet Holzbau der TU München bei Prof. Hermann Kaufmann. 2015 bis 2018 leitete er als Juniorprofessor das neu gegründete Fachgebiet Tektonik im Holzbau an der TU Kaiserslautern. In dieser Zeit verfasste er zusammen mit Hermann Kaufmann und Stefan Winter das Nachschlagewerk „Atlas Mehrgeschossiger Holzbau“, das 2021 in überarbeiteter Version erschienen ist.

Seit März 2018 ist Stefan Krötsch Professor für Baukonstruktion und Entwerfen an der HTWG Konstanz. 2024 veröffentlichte er zusammen mit Manfred Stiglmeier und Thomas Engel das Fachbuch „Holzbau im Bestand“.

Seit 2012 engagiert er sich ehrenamtlich in der Bayerischen Architektenkammer. 2020 wurde er in den BDA Bayern berufen und 2021 als Referent für klimagerechtes Bauen in den Vorstand gewählt.